Od grudnia 1948 roku przebywał we Wrocławiu, gdzie na Uniwersytecie kierował Katedrą Antropologii (1949–1956). W latach 1951-1953 pełnił funkcję rektora Uniwersytetu Wrocławskiego.
Maska pośmiertna Jana Mydlarskiego została wykonana w Instytucie Antropologii UWr przez antropologów, współpracowników profesora. Została wykonana w tradycyjnej technice odlewu w gipsie.